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一、职位不同：事业单位编制属于正式工作人员。
政府雇员，也就是通常意义上的临时工，也是有编制要求的。一个单位要增加临时工，也需要经过审批，增加临时工编制后才能聘用。政府雇员做得好，也必须经过政府统一组织的考试才能成为公务员或事业编制。
二、作用不同：政府雇员制把市场用人机制引入政府机构，是提高行政效率的需要。还将会淡化政府机关的官本位色彩，打破政府机关只进不出的用人弊端。
事业编制就是指事业单位的人事编制。有些行政机关也有事业编制，主要是指司机、电工、炊事员、锅炉工等后勤人员，不属于公务员。
三、意义不同：政府雇员指的是政府机关根据工作的特殊需要，从社会上雇用的法律、金融、经贸、城建、规划、信息、外语及高新技术等方面的专门人才。他们不占用行政编制，不具有行政职务，不行使行政权力，完全按契约化管理，只从事某项专业性工作。此外，雇员不执行公务员的工资标准，薪酬待遇相对较高。
事业编制是辅助编制，就是依靠政府单位的财力和权利成立的单位叫事业单位，用于增加政府单位的的财政收入，和辅助职能的行使。
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